JAS-39机翼下的稍大些的导弹是AIM-120中距主动雷达制导空空导弹，稍小的是“响尾蛇”近距空空导弹，将来还将装备更先进的空空导弹和各种精确制导空对地武器。

机身内还有一门“德发”27mm机关炮，这是一种介于美国20mm和苏联30mm之间的“中间型”火炮，被认为是火力与自身重量的较好结合。该炮的改进型被选为美国JSF的机载火炮。

在乡间公路的转角处，地勤人员迅速的为JAS-39挂载武器。

JAS-39接受英军加油机的空中加油，其加油管装在机背上方。